La COI met l'accent sur les problématiques insulaires des pays membres et facilite leur insertion dans le processus d'intégration économique de la région Afrique orientale et australe, ce qui se traduit par :

• la défense des petites économies insulaires en développement au niveau régional et international ;
• la défense des intérêts communs des pays géographiquement isolés du continent, dans le cadre de l'initiative NEPAD de l'Union africaine ;
• l'attention portée à la situation particulière de la Réunion, région ultrapériphérique européenne, dans le cadre notamment des Accords de Partenariat Economique ;
• la valorisation économique des ressources naturelles communes.