La COI protège l'environnement et les ressources naturelles dans une perspective de développement durable de la région, par :

• l'éducation des jeunes générations à l'environnement ;
• la préservation des ressources halieutiques de l'océan et la rationalisation de leur gestion ;
• un effort soutenu porté à la conservation de la biodiversité marine et côtière ;
• la lutte contre les pollutions marines ;
• la préservation des ressources végétales par le renforcement de la lutte contre les organismes nuisibles ;
• le renforcement de la surveillance épidémiologique animale.