La COI constitue aujourd'hui un premier cercle de coopération destiné à faciliter l'insertion des îles du sud-ouest de l'Océan Indien dans des ensembles régionaux plus vastes et, partant, à favoriser leur adaptation au processus de mondialisation.
Face à l'accélération et à l'élargissement des dynamiques d'intégration économique régionale, elle s'est longtemps interrogée sur son rôle. Certains se sont même demandés si elle ne constituait pas un niveau de duplication inutile après l'émergence d'organisations mieux adaptées à la nouvelle donne.
Ce débat a été tranché par les Etats membres avec l'adoption, en janvier 2005, d'orientations stratégiques qui, en clarifiant les objectifs d'organisation de proximité qu'ils lui assignaient, lui ont donné un nouvel élan.
La COI se définit comme une organisation sous-régionale appelée à défendre les intérêts insulaires. Ses pays membres ont en commun l'isolement, l'étroitesse des marchés, la fragilité environnementale, la prédisposition aux catastrophes naturelles ; mais ils partagent aussi des valeurs, une identité commune et une forte tradition d'entraide et de solidarité.
Les orientations stratégiques définies lors du 3ème Sommet des chefs d'Etat ou de gouvernement en juillet 2005, à Madagascar, constituent un cadre d'action pour le développement de la région, selon 4 axes :
Axe 1 - La coopération politique et diplomatique a pour objectif d'appuyer la stabilité régionale et la bonne gouvernance, la présence de l'organisation au plan international et l'adoption de position commune pour défendre les intérêts et les économies insulaires de la région.
Axe 2 - La coopération économique et commerciale vise à faciliter, en vue d'une grande insertion dans l'économie mondiale, le positionnement des pays membres dans le processus d'intégration économique de la région Afrique orientale et australe et Océan Indien (AfOA-OI)
Axe 3 - Le développement régional durable se concentre sur la protection des personnes et la qualité de vie des populations et sur la protection et la préservation des ressources naturelles terrestres et marines.
Axe 4- Le renforcement de l'identité culturelle régionale et le rapprochement entre les peuples est recherché par l'intensification des échanges culturels et entre les organisations professionnelles et les associations de femmes, de jeunes, le renforcement de la coopération universitaire et de recherche et une meilleure circulation des idées et des personnes.
